หน่วยงานกรมปศุสัตว์ที่ตั้งอยู่ในพื้นที่สำนักงานปศุสัตว์เขต 5 ประกอบด้วย
1. หน่วยงานส่วนกลาง >> 11 ศูนย์ 1 สถานี 8 ด่าน ดังนี้
1.1 ศูนย์วิจัยและพัฒนาการสัตวแพทย์ภาคเหนือ (ตอนบน)
1.2 ศูนย์วิจัยการผสมเทียมและเทคโนโยลีชีวภาพเชียงใหม่
1.3 ศูนย์ผลิตน้ำเชื้อพ่อโคพันธุ์ โครงการหลวงอินทนนท์
1.4 ศูนย์วิจัยและพัฒนาผลิตภัณฑ์ปศุสัตว์เชียงใหม่
1.5 ศูนย์วิจัยและบำรุงพันธุ์สัตว์เชียงใหม่
1.6 ศูนย์วิจัยและบำรุงพันธุ์สัตว์พะเยา
1.7 ศูนย์วิจัยและบำรุงพันธุ์สัตว์แพร่
1.8 ศูนย์วิจัยและบำรุงพันธุ์สัตว์แม่ฮ่องสอน
1.9 ศูนย์วิจัยและพัฒนาอาหารสัตว์ลำปาง
1.10 ศูนย์วิจัยและพัฒนาอาหารสัตว์เชียงราย
1.11 ศูนย์วิจัยและพัฒนาอาหารสัตว์แพร่
1.12 สถานีทดสอบสมรรถภาพและฝึกสัตว์พ่อพันธุ์ผสมเทียมเชียงใหม่
1.13 ด่านกักกันสัตว์เชียงใหม่
1.14 ด่านกักกันสัตว์เชียงราย
1.15 ด่านกักกันสัตว์ลำพูน
1.16 ด่านกักกันสัตว์ลำปาง
1.17 ด่านกักกันสัตว์พะเยา
1.18 ด่านกักกันสัตว์น่าน
1.19 ด่านกักกันสัตว์แพร่
1.20 ด่านกักกันสัตว์แม่ฮ่องสอน
2. หน่วยงานส่วนภูมิภาค >> 8 หน่วยงาน ดังนี้
2.1 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดเชียงใหม่
2.2 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดเชียงราย
2.3 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดลำพูน
2.4 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดลำปาง
2.5 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดพะเยา
2.6 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดน่าน
2.7 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดแพร่
2.8 สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดแม่ฮ่องสอน